Este artigo tem por objetivo relatar a experiência do curso Educação Popular em Saúde (EdPopSUS), como transformador da prática dos Agentes Comunitários de Saúde e Agentes de Combate a Endemias, no município de Maracanaú, Ceará. A experiência foi vivenciada em três ofertas do curso pela Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), no período de janeiro a junho de 2014. Mediadores, Educadores Populares e articuladores do curso facilitaram os encontros. A cada encontro, os educandos eram estimulados a realizarem atividades de educação popular em saúde no território, acrescidas do novo olhar, sentido e aprendizado construído durante as formações. Esse aprendizado permitiu a transformação das práticas profissionais e o empoderamento dos sujeitos no cuidado individual e coletivo à saúde, sob a ótica do diálogo e da construção compartilhada dos saberes. A experiência possibilitou a aplicação dos conhecimentos teóricos na prática junto à comunidade, fortalecendo o protagonismo dos sujeitos, o vínculo e a resolubilidade das ações em saúde, como relatado por educandos e a própria gestão.